其实传递窗就是一种过渡装置，所以洁净区中会设置各种不同功能的传递窗，每一种传递窗使用时所要注意的事项也是不同的。以物料传递窗来说，它采用的单向流模式，从一般区流向C级洁净区。需要注意的是，物料传递窗传递物料时，物料不可过多，需紫外照射30min；每次使用结束后用75%乙醇清洁，并紫外照射30min。
而废物传递窗主要的功能就是传递废弃物，它的流向与物料传递窗正好相反，是从C级洁净区到一般区。废物传递窗在每次使用结束后用75%乙醇清洁，并紫外照射30min。
另外有可能会用到血液制品传递窗，用来传递血样、成品、送检样品，与上述两种传递窗不同的是，它属于双向流。使用前打开紫外照射30min，使用时关闭紫外，使用后用75%乙醇清洁，并紫外照射30min。
除此之外，洁净区内还有可能会设置冷存样品传递窗，用以传递冻存、复苏、留样制品。它也是双向流，同样是要求在使用前打开紫外照射30min，使用时关闭紫外，使用后用75%乙醇清洁，并紫外照射30min。
作为洁净室中的一种辅助设备，传递窗设计过程中，提高其防火能力是非常重要的一环，在操作过程中传递窗防火涂料的选择和具体操作就显得尤为突出了。传递窗防火涂料的类型多种多样，不同的品种其防火效果也不尽相同，因此选择传递窗防火涂料时需要特别注意。
建议选择经过消防部门认定的传递窗防火涂料产品，以使其使用的长期性和标准性。在传递窗防火涂料操作过程中应该注意流程的科学性，首先要做好传递窗表面的清洗工作，然后配置浓度合适的防火涂料，喷涂过程选择专业人员来操作，还应该检测传递窗防火涂料的实施厚度，其符合设计要求。
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